Постройката възниква като малка крепост-укритие, но претърпява доста бурно развитие. Строителите умело са използвали непристъпността на елипсовидната скална тераса и са превърнали съоръжението в отбранителен, наблюдателен, охранителен и съобщителен пункт. Цялостното преустройство е завършено през 1837 година. и до днес край близките села Арчар, Граничак, Кладоруб и Дъбравка могат да се видят останки от други по-малки крепости.

Историята на Белоградчишката крепост е свързана с подвига на известния хайдутин Велко, овладял я за кратко през 1809г., с героизма и жаждата за свобода на въстаналите българи от 1850г., чиито водачи намират смъртта си в едно от караулните помещения. В тяхна памет признателните поколения през 1906г. Издигат паметна плоча и всяка година в последните дни на май тържествено отбелязват годишнина от тяхната саможертва.

Стратегическото значение на Крепостта e изиграло важна роля по време на управлението на видинския владетел Иван Срацимир. Той я е доукрепил и разширил, построил висящи дървени мостове и каменни стълбища, даващи и възможност за бързо маневриране. За пръв път името и е споменато от унгарски аналист през 1365г. При завладяването на България от Османската империя Белоградчишката крепост е превзета през 1396г. По време на Османското владичество турците разширяват крепостта, поради засилената хайдушка и революционна активност в района. Същински изменения в структурата на крепостта са нанесени в началото на 19-ти век.