Градът е извествен с откритото през 1949г. Панагюрското златно съкровище, датирано към края на IV-ти, началото III в. пр.Хр.

По време на Априлското въстание, Панагюрище става център на 4-и революционен окръг, а след потушаването му е опожарен и напълно унищожен от башибозука.