Германският манастир е основан през 10в. и според легендата преди да бъде построен, там за известно време е живял Св. Иван Рилски преди да се оттегли в Рила. При нашествието на османските войски и превземането на София през 1382г. Светата обител била разрушена. Възстановена е век по-късно и през 17в. Германския манастир се превръща в духовно средище и развива активна книжовна дейност. След Освобождението тогавашният игумен на Германския манастир - Никифор - и неговоия брат Кирил решили да изградят манастира наново. През 1886г. старата църква е съборена и на нейно място била построена нова.