Баткунският манастир е основан през 11-12в. в близост до крепостта Баткунион. Той e един от 33-те разрушени манастира по време на насилственото помохамеданчване на българското християнско население в Родопите, описано от поп Методи Драгинов през 17в. През 19в. Баткунския манастир е възобновен, а през 1870г. е издигната и сегашната църква. За известно време през 1867г. тук е творил и живял възрожденския зограф Станислав Доспевски.