Съществуването на Чекотинския манастир е свързано със съдбата на средновековната Урвичка крепост, която се намира на няколко километра от него. В подножието на крепостта е имало също църковен комплекс по това време и двата манастира са поддържали тесни връзки. По време на кърджалийските набези в края на 18в. манастира е разрушен, за да възкръсне за живот към средата на следващия век. От средновековните манастирски сгради е оцеляла частично само църквата.