В миналото Кладнишкия манастир е бил част от Софийското светогорие и над него тогава се е издигала крепост, включваща земите на манастира и е била владяна от местен болярин. В периода 1841-1845г. Кладнишкия манастир възкръснал, благодарение на даренията на местни хора и особено на Спас Бурнов село Мърчаево, който станал и първи игумен на манастира. През 1995г. в Кладнишкия манастир се настанява монашеско братство, което напуска манстира през 2000г. Въпреки това през 2001г. местните власти се заемат с възстановяването на манастира и постепенно той възвръща имотите си и възобновява духовната си дейност.