Първите сведения за Пещерския манастир се намират в известната Мрачка грамота от 1348г., на българския цар Иван Александър, с която той дарява манастира. Около 1840г. Пещерският манастир е обновен, а по време на Руско-турската война (1877 – 1878) при оттеглянето си, османските войски опожаряват манастира. Понастоящем Пещерската обител е изоставена.