Старият манастир възниква през 14в., но по време на турското робство е разрушен. Това прекъсва живота в манастира, но народът не престава да го почита и от тогава до ден днешен всяка година на светли четвъртък след Великден се организира събор. Сегашният Сандански манастир е издигнат върху основите на стария през 1928г. от местните граждани на Свети Врач (дн. Сандански). Каменната църква е построена през 1950г., а през 1978г. се изгражда олтара, поставят се врати на иконостаса и се пристроява западната подпорна стена.