Музеят е основан през 1986г. и открит за посетители на 19 юни 1987г. Средствата за създаване на музея и придобиването на минералните образци са изцяло от дарения на частни лица, фирми и институции. Намира се в централната част на София, зад НДК. Заема площ от площ от 5500кв. м. Той е държавна институция към дирекция музеи, галерии и изобразителни изкуства на Министерството на културата на Република България. Заема реставрирана и адаптирана сграда - паметник на културата, построена в края на по-миналия век (1896 - 1898г.).

Музеят представят минералното царство на Земята в няколко различни аспекти - жизнена среда, източник на суровини и енергия, предмет на научно познание, обект на емоционално и естетическо въздействие. Съхранява над 27 000 експоната, изложени в осем постоянни експозиции. На първия етаж са разположени колекциите "Гигантски кристали", представящи изключително редки кристали с човешки ръст, и колекцията на ПетърТрантеев - основоположник на организираното пещерно движение в България. От минералните видове, срещащи се в България, са представени 291 образци. Те се помещават на втория етаж. Сред най-интересните експозиции е и тази със скъпоценните камъни. В музея могат да се видят почти всички видове скъпоценни камъни в естествен и обработен вид.